御年99歳。Philadelphiaにお住まいとのこと。 youtu.be

どっちがいいかはまあお好みですかね。仕上がりを見て。 hoge %>% ggplot(aes(x=huga, y=proportion, label=percent)) + geom_bar(stat = "identity", fill="blue") + ggfittext::geom_bar_text(fontface='bold', size=14) もしくは hoge %>% ggplot(aes(x=h…

何年振りやねん。しかも、2019年の投稿はコロナ前の欧州。 さて。 作った図を2x2とかのgridにしてsvgに保存したい時。 （生存曲線はまた別です） gridExtra::grid.arrange(a, b, c, d, nrow=2) -> hoge でいったんhogeに保存しておいて、そこからgrid.draw()…

先日の欧州出張の際、BarcelonaからAmsterdamの飛行機が盛大に遅延したので、日本行きのKLMに乗り継ぎが出来ず、急遽、FinnairでHelsinkiを経由して8時間遅れで日本に戻ることになった。 Kiosk端末でチケットも手に入れて、Amsterdamでのんびりする時間は2時…

中古で2万円台後半のLet's note CF-NX2を解析用マシンとして使い始めてはや2年。SSD換装してメモリも12GBに増やしてLinux Mintを入れて使っています。Windowsも使いますが、正直なところ Powerpointが使えない（Google documentで代用できる？） EndnoteのLi…

あんまりよくわかってないことを調べてとりあえず記すシリーズ。 間違っていたらすいません（直すかもね）。 www.ncbi.nlm.nih.gov そもそも疫学の定義すら怪しいのに、 メタ疫学ってなんですか、ということなんですが、 上記文献によると、 もともとは、sys…

foo <- hoge[hoge$huga=="1",] みたいなコードでsubsetすると、huga列のNAも同時にサブセットされる。 NAを除外してsubsetしたいなら、 foo <- filter(hoge, huga=="1") で書くべし。 最初に上のようなsubsetをなんとなく覚えてしまったので、備忘録として。

Linux Mint の R で、うまくinstallされないpackageがあって困っていた。 igraphもそのうちの一つであったが、このサイトのおかげでinstallできた。 stackoverflow.com 当方、Linux Mint 18.1 Cinnamon。 ありがたや。 もう少し細かいことがわかったら追記。…

大量のDICOMファイルを操作する際に、届いたDICOMに拡張子が無かったので コマンドプロンプトで一括に拡張子を付与した。 あったほうが後々便利だっただけの理由。 cd c:\dicomfile #別にどこでもいいですが置いてる場所を指定 ren * *.dcm これだけ。 いつ…

Linux Mint 18.1を中古で買ったCF-NX2に入れて使っています。 Corei5です Let's noteのホイールパッドが使えるようにしました 設定の忘備録です。 $ synclient -l #現在の設定を確認する $ synclient CircularScrolling=1 #0でオフ これで普通に使えるように…

同じモノを測定しているけど、違う尺度で測っている結果を統合したい。 ということで、復習がてら。 複数の研究結果から effect size を統合する手法(1) 上のHPでは「Effect size」が出てくる。 「測定単位には無関係で，標準化された効果の大きさ」として表…

で、タグをいじってみると、意外に簡単に編集できました。 import dicom dcm = dicom.read_file("test.dcm") #If you want to change Patient Name in dcm as "Santa" dcm.PatientName = "Santa" dcm.PatientID = "001224" dcm.acquisitionDate = "20171224"…

先日、oro.dicomというR packageをinstallしてみたのだが、あんまりうまく運用できなかった。 しかし、タグをいじる必要性がぐいぐい迫ってきたので、 Rを置いといてPythonでやってみることにした。Pydicomを使用。 あんまりPython使ったことないけど、結局…

CTとかMRとかの画像を扱う際、DICOMは避けて通れない。 DICOM Digital Imaging and COmmunications in Medicine だそうです。 DICOM - Wikipedia Rでも扱えるらしい。 oro.dicomというpackageがあるみたい。 install.packages("oro.dicom") でinstallした。 …

データの突合はRで。Excelあんま好きちゃうし。 mergeする。ついでに、xlsxをそのままdataframeに読み込んでしまう。 xlsx packageを使ってみる。 xlsxで行数の多いデータを読むと時間がかかるのが微妙。 日本語入れていると化けるので、encodingをちゃんと…

まとめてRisk of Biasの評価をする必要に迫られたので、忘備録的に。 ちょっと足りないとか間違ってるとかあるかもしれないので、また修正するかも。 とりあえず、Allocation consealment と Sequence generationはきちんと区別すること。 当たり前っちゃ当…

掲題のネタについて。備忘録として。 ほう？なんぞね？ ということで、調べてちょっとやってみました。 テキストからスライド作れるってちょっと惹かれるじゃないですか。 qiita.com 参考にさせて頂きました。 で、 flatbird.github.io ここを参照すると、ス…

NIH policy on Single-IRB Review -A new era in multicenter studies 昨年末に出ていた記事（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5234329/）から。 国内で多施設共同研究に関わっていると、ついてまわるのが、倫理審査の問題である。当然、研究…

意思決定とかそんなことをぼけーっと考えていると、閾値を決める、つまりこの数字以上上だったらAへ行く、この数字未満だったらBへ行く、みたいな数字を決めるのは、どうやるんかねえ？と思う。その数字を決定者でない人間が勝手に決めるわけにはいかないの…

Evidence for Health Decision Making - Beyond Randomized, Controlled Trials ざっと読んだ。一読の価値はあるかと。 N Eng J Med 377;5 465-475. http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra1614394 とにかくRCTが最強！最強だ！偉いんだ！という考えで…

なかなか面白い記事でした。JAMA pediatricsから。 https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2646851 こどもを育てるうえで、災害や戦争の話をする場面には直面する。 自分がこどもだった時のことを考えても、日航機墜落事故とか原爆と…

はじめに ここでは、友人とは誰なのか？ということをはじめに定義しなければなりません。 私にも様々な友人がおりますが、どの範囲を友人と定義するかは非常に難しい話なのでさておき、 その範囲を広くしても狭くしても、統計学や医学に通じている人はそんな…