DICOMをいじる必要に迫られてのPython②

で、タグをいじってみると、意外に簡単に編集できました。 import dicom dcm = dicom.read_file("test.dcm") #If you want to change Patient Name in dcm as "Santa" dcm.PatientName = "Santa" dcm.PatientID = "001224" dcm.acquisitionDate = "20171224"…

2017-12-23

DICOMをいじる必要に迫られてのPython

先日、oro.dicomというR packageをinstallしてみたのだが、あんまりうまく運用できなかった。しかし、タグをいじる必要性がぐいぐい迫ってきたので、 Rを置いといてPythonでやってみることにした。Pydicomを使用。あんまりPython使ったことないけど、結局…

2017-11-30

DICOMを操作できる？

CTとかMRとかの画像を扱う際、DICOMは避けて通れない。 DICOM Digital Imaging and COmmunications in Medicine だそうです。 DICOM - Wikipedia Rでも扱えるらしい。 oro.dicomというpackageがあるみたい。 install.packages("oro.dicom") でinstallした。 …

2017-11-29

エクセルで受け取ったデータをmergeする

R

データの突合はRで。Excelあんま好きちゃうし。 mergeする。ついでに、xlsxをそのままdataframeに読み込んでしまう。 xlsx packageを使ってみる。 xlsxで行数の多いデータを読むと時間がかかるのが微妙。日本語入れていると化けるので、encodingをちゃんと…

2017-11-24

Assessment of Risk of Bias

まとめてRisk of Biasの評価をする必要に迫られたので、忘備録的に。ちょっと足りないとか間違ってるとかあるかもしれないので、また修正するかも。とりあえず、Allocation consealment と Sequence generationはきちんと区別すること。当たり前っちゃ当…

2017-10-14

reveal.jsとMarkdown

掲題のネタについて。備忘録として。ほう？なんぞね？ということで、調べてちょっとやってみました。テキストからスライド作れるってちょっと惹かれるじゃないですか。 qiita.com 参考にさせて頂きました。で、 flatbird.github.io ここを参照すると、ス…

2017-09-14

多施設共同研究の倫理審査を1ヶ所でやろう！というお話

NIH policy on Single-IRB Review -A new era in multicenter studies 昨年末に出ていた記事（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5234329/）から。国内で多施設共同研究に関わっていると、ついてまわるのが、倫理審査の問題である。当然、研究…

2017-09-01

連続変数の離散化

意思決定とかそんなことをぼけーっと考えていると、閾値を決める、つまりこの数字以上上だったらAへ行く、この数字未満だったらBへ行く、みたいな数字を決めるのは、どうやるんかねえ？と思う。その数字を決定者でない人間が勝手に決めるわけにはいかないの…

2017-08-21

決断のためのエビデンス（RCTはほんまに最強なんか？）

Evidence for Health Decision Making - Beyond Randomized, Controlled Trials ざっと読んだ。一読の価値はあるかと。 N Eng J Med 377;5 465-475. http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra1614394 とにかくRCTが最強！最強だ！偉いんだ！という考えで…

2017-08-14

ニュースで伝えられる悲劇についてこどもと話すには？

なかなか面白い記事でした。JAMA pediatricsから。 https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2646851 こどもを育てるうえで、災害や戦争の話をする場面には直面する。自分がこどもだった時のことを考えても、日航機墜落事故とか原爆と…